支店が親会社の延長であるのに対して、子会社（株式会社、合同会社）は独立した法人であることが大きな違いでである。
支店は親会社の延長に過ぎないため、株主はおらず、支店の行動に対する法的責任はすべて親会社が負うことになる。
日本にある支店の活動が原因で訴訟に巻き込まれた場合、自動的に親会社も訴訟当事者になる。
これに対して、子会社を設立した場合は、子会社は、親会社とは別の法人格を有する。そのため、子会社がある事件で訴えられたとしても、親会社は訴訟当事者にはならない。
しかし、メリットとしては、支店の登記は、株式会社や合同会社よりもはるかに早く、費用も安く済みます。 また、支店は、事務所を借り、その名義で不動産を借り、業務・法律上の契約を結び、従業員を雇用し、利益を親会社に送金するという、子会社が持つ機能の多くを備えている。
子会社ではなく、支店を設立することにはメリットがあるが、デメリットについても触れておく必要がある。 すなわち、支店では、将来の株式公開による資金調達ができないし、前記のように日本での支店で発生する責任から親会社を守ることもできない。
法人税の面では、支店の利益と損失は、日本の法人税率で課税されます。これは子会社にも適用されますので、この点では違いはない。
最後に、支店を子会社に組織変更することはできませんのでご注意ください。 ただし、外国法人が子会社を設立し、支店の資産を子会社に移管することは可能です。 したがって、支店とその取引先との間の取引契約は、新しい子会社に契約を更新することにより移転することができる。